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告别天空之城后，莉莉在海边漫步时，听到了一阵悠扬而神秘的歌声。那歌声似有魔力，深深吸引着她。顺着歌声的方向，她踏上一艘小船，驶向远方那若隐若现的神秘岛屿。
登上岛屿后，莉莉发现这里的一切都充满了神秘气息。高大的树木闪烁着奇异的光芒，花朵会像精灵般飞舞。但岛上的居民们却满脸忧愁。一位长者告诉莉莉，这座岛被称为灵音岛，岛上的圣物——灵音琴，近日来发出了杂乱无章的声响，导致岛上的魔法平衡被打破，作物枯萎，动物躁动。而那扰乱灵音琴的，是一股来自黑暗深渊的邪恶力量，它企图侵蚀整个岛屿，将其变为黑暗的领地。
莉莉决定寻找灵音琴并恢复它的秩序。在穿越一片迷雾森林时，莉莉遇到了各种由黑暗力量幻化而成的幻影怪兽。它们张牙舞爪地向她扑来，莉莉镇定自若，她运用天空之城给予的宝石力量，释放出明亮的光芒，驱散了幻影怪兽。
终于，莉莉找到了灵音琴所在的古老神殿。然而，守护灵音琴的是一道由音符组成的魔法屏障。莉莉静下心来，倾听着周围的自然之音，用自己的歌声与之呼应。渐渐地，她找到了魔法屏障的旋律节奏，成功穿过屏障。
只见灵音琴在黑暗力量的缠绕下剧烈颤抖。莉莉伸出双手，轻轻触碰灵音琴，她感受到了灵音琴的痛苦与挣扎。莉莉闭上眼睛，回忆起自己过往的冒险经历，从月亮湖的宁静到天空之城的浩瀚，从每一次挑战中汲取力量。她将这些力量汇聚到指尖，开始弹奏灵音琴。
起初，琴音与黑暗力量相互对抗，发出刺耳的声响。但莉莉没有放弃，她的弹奏越发流畅而坚定。在她的努力下，黑暗力量逐渐被琴音驱散，灵音琴恢复了往日的悠扬。
随着灵音琴的修复，岛上的魔法平衡重新建立。作物再次茁壮成长，动物们恢复了平静，花朵们围绕着莉莉欢快地飞舞，仿佛在向她致谢。
